Η φυσική ποιότητα των υδάτων τις τελευταίες δεκαετίες έχει υποστεί μεταβολή και υποβάθμιση εξαιτίας των διαφόρων πηγών ρύπανσης (π.χ. αστικά λύµατα, βιομηχανικά υγρά απόβλητα, απορρυπαντικά, γεωργικά υγρά απόβλητα, κτηνοτροφικά υγρά απόβλητα, διείσδυση θαλασσινού νερού κ.α.). Οι κυριότερες επιπτώσεις της ρύπανσης του νερού είναι: η μείωση του οξυγόνου, ο ευτροφισμός των νερών, η ρύπανση των υπόγειων υδάτων καθώς και η ρύπανση του πόσιμου νερού.

Το πόσιμο νερό πρέπει να είναι καθαρό από φυσική, βιολογική και μικροβιολογική άποψη καθώς η κατανάλωση του δεν πρέπει να θέτει σε κίνδυνο την υγεία του ανθρώπου. Επιπλέον το νερό πρέπει να είναι άχρωμο, άοσμο και με ευχάριστη γεύση. Δεν πρέπει να έχει υψηλή σκληρότητα, να περιέχει οργανικές ουσίες, βαρέα μέταλλα ούτε και παθογόνα παράσιτα ή μικρόβια.

Στο εργαστήριο πραγματοποιούνται φυσικοχημικές και μικροβιολογικές αναλύσεις ώστε να εξετάζεται και να ελέγχεται η ποιότητα του νερού που προορίζεται προς κατανάλωση. Επιπλέον, εκτός του πόσιμου νερού, στο εργαστήριο διενεργούνται δοκιμές, σε νερά πισινών, κολυμβητικών δεξαμενών και αρδεύσεως

Ενδεικτικά οι χημικές αναλύσεις που πραγματοποιούνται στο εργαστήριο είναι: