Οι μυκοτοξίνες είναι ιδιαίτερα τοξικές ουσίες που παράγονται από συγκεκριμένους μύκητες, όπως για παράδειγμα οι αφλατοξίνες παράγονται από τους Aspergillus flavus, Aspergillus parasiticus, ενώ η Ωχρατοξίνη Α από τον A. ochraceus και τον P. verrucosum. Περίπου το 20 % των τροφίμων είναι δυνατόν να επιμολυνθούν με μυκοτοξίνες.

Στη Σύγχρονη Αναλυτική πραγματοποιούμε αναλύσεις των εξής μυκοτοξινών:

Δεδομένου ότι οι επιτρεπόμενες οριακές τιμές είναι πολύ μικρές, οι μέθοδοι που χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση μόλυνσης με μυκοτοξίνες δίνουν πολύ ευαίσθητα και ακριβή αποτελέσματα. Διαφορετικές μέθοδοι χρησιμοποιούνται για τον εντοπισμό και τον ποσοτικό προσδιορισμό των μυκοτοξινών σε διάφορα τρόφιμα.

Οι γενικώς εφαρμοζόμενες μέθοδοι ανάλυσης είναι: μέθοδο ELISA.