Δεδομένου ότι οι επιτρεπόμενες οριακές τιμές είναι πολύ μικρές, οι μέθοδοι που χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση μόλυνσης με μυκοτοξίνες δίνουν πολύ ευαίσθητα και ακριβή αποτελέσματα. Διαφορετικές μέθοδοι χρησιμοποιούνται για τον εντοπισμό και τον ποσοτικό προσδιορισμό των μυκοτοξινών σε διάφορα τρόφιμα.
Οι γενικώς εφαρμοζόμενες μέθοδοι ανάλυσης είναι: μέθοδο ELISA.